Hola Sapo,
primero que nada aclaro que soy amateur y deduzco que vos tambien. Uso Canon y es lo que mas conozco. De nikon conozco las especificaciones por haber leido, y eventualmente probado alguna camara, pero no soy usuario frecuente.
La pregunta que haces tiene toneladas de respuestas posibles. Creo que cualquiera de esas configuraciones es mas que suficiente para aprender. La 5100 y la t3i son lo modelos en "entrada" en mundo reflex de ambas marcas, pero a la vez son los mas modernos de los que nombras. Tienen sensores muy buenos y de buena calidad en isos altos. Es decir, si vas a sacar fotos con poca luz, son tal vez las mejores opciones para mantener calidad de imagen. Resumiendo: excelente calidad de imagen. Manejo de la camara con ciertas limitaciones si queres hacer algun trabajo que exija velocidad. No creo que esto ultimo sea una limitante para un hobbista. Contras: la d5100 no puede usarse con lentes que no tengan motor interno para el autofoco (lentes nikon hay de todo tipo). Los lentes canon todos tienen motor interno.
Por otro lado la D90 es un modelo mas viejito, intencionado para usuarios mas avanzados sin llegar a ser profesional (aunque muchos socialeros la usan en sus trabajos). Tiene mejor ergonomia, calidad de fabricacion (aleacion de magnesio y aluminio creo) y practicidad a la hora de manejarla ya que tiene un cuerpo y disenio mas acorde al usuario avanzado. Ademas es compatible con cualquier lente nikon, porque tiene motor propio para el autofoco de los lentes mas viejos. Para mi es una gran ventaja pero por otro lado el sensor ya es mas viejo y si bien es excelente para su epoca tiene menor redimiento ante isos altos que la d5100. Es decir, tendria mas ruido que la 5100. Ambas comparten el mismo autofoco. Resumiendo, teoricamente mejor calidad de imagen en la d5100 pero mayor practicidad de manejo, robustez y versatilidad en la D90.
La t3i es del nivel de la d5100 pero sin la contra del autofoco. Estas dos son plasticas.
Con respecto a los lentes, si queres aprender cualquiera de esos lentes de kit estan bien y si podes agregarle un fijo con buena apertura como el 35 1,8 en nikon y el 50 1,8 en canon, vas a aprender con equipo de sobra.
Espero que te sirva de algo todo esto y que alguien mas opine para darte una mano. Podes investigar las caracteristicas tecnicas de todas la maquinas en
www.dpreview.comUn saludo y para concluir te digo que cualquiera de esas maquinas, te sirven para lo que necestias y ninguna te va a decepcionar. Son todas buenas. Fijate que precios conseguis.